Det finns två inlopp in till Hammarbyhamnen. Det ena är Danvikskanalen som mynnar ut vid Danvikstull i öster, och det andra är Hammarbyslussen som binder samman Hammarbysjön med årstaviken i väst. Området var länge karaktäriserat av stora industrier som huserade i hamnområdet, och det fanns länge endast ett fåtal bostäder i området. Förvandlingen från industriområde till bostadsområde kom igång först på 1990-talet, då många stora industrier flyttade från området på 1980-talet och rivningskontrakt erbjöds till mindre företag. Det ledde till bristande underhåll av området, vilket i sin tur ledde till en naturlig övergång till att förvalta området annorlunda. I utformandet av de första planerna för bostadsområden i södra Hammarbyhamnen hämtade man inspiration från Berlin och ganska snart började området bebyggas med ett stort antal bostäder. Inflyttningen till området kom igång på allvar först tidigt 2000-tal och har sedan dess lockat många Stockholmare till området, som idag är ett av de populärare bostadsområdena i huvudstaden. I Norra hammarbyhamnen, som ligger på Södermalm, kom dock förvandligen till bostadsområde igång lite tidigare. Här skedde de första inflyttningarna på 1980-talet och man kan än idag se spår av den forna industritiden i de järnvägsspår som, trots att de inte använts på många år, lämnats kvar i området. Den geografiskt uppdelade Hammarbyhamnen binds idag ihop av färjor som kör över Hammarbysjön, och i framtiden planeras även tunnelbanan att byggas ut hit.